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正当夜天等人行至途中时，乘坐的船却出现了故障，好在附近就有一个城市，夜天随即让小黄放出了小蓝，然后三人坐着小蓝来到了这座城市——马察市
然后夜天三人来到了神奇宝贝中心，结果一进门，夜天怀里的依依和小黄肩膀上的丘丘就显得没有了精神，而乔伊小姐则是正在和一个理工男在电脑前忙碌着。
只见神奇宝贝球的传送系统不断的把神奇宝贝球传送走，但是传送进去的完成了最终进化型烈焰马却变成了没有进化的绿毛虫，而那个理工男却是完全无法接受这个结果，竟然直接启动了强制关机的按钮，然后跑出了神奇宝贝中心。
夜天随后才从乔伊小姐那里知道这个理工男就是神奇宝贝传送系统的开发者——秋叶原博士，神奇宝贝中心的神奇宝贝球传送系统现在已经完全停止运作了，但是如果不快点让秋叶原博士回来解决的话，那些之前传送走的神奇宝贝就危险了，而且这种事情最近一直发生。
但是每一次秋叶原博士都会来解决，可是这一次却比以往更加恐怖，已经有超过百只神奇宝贝被传送走了，先前只有几只被传送走，但是都被找回来了。
最后乔伊小姐请求夜天帮忙去找回秋叶原博士，然后拿出了一张手绘地图交给了夜天，夜天随即带着叶子和小黄前往了秋叶原博士的研究所。
然后就来到了一个破旧的大房子面前，夜天随即推开了门走了进去，结果一进门就看到房子里面黑漆漆的一片，完全没有人住的样子。
三人走进去后，找了一圈都没有见到博士，突然出现的一个巨大博士头机器人倒是把叶子和小黄吓了一跳，然后就被夜天一记回旋踢踢到了一边。
但是突然，秋叶原博士的声音响起来，然后向夜天三人讲述了神奇宝贝传送系统的问题的原因：博士开发出了一只电脑神奇宝贝3D龙用来维护神奇宝贝传送系统，但是最近3D龙开始变得奇怪了，他随即开始检查，然后发现是有病毒入侵了3D龙，然后让3D龙开始不再受他的管控，并且时常下载一些奇怪的软件，最重要的是，它还把他的浏览器记录给完全复制后删除了！
随后秋叶原博士请求夜天进入电脑中的数码世界去处理一下这只3D龙，夜天听后没有一点点犹豫就拒绝了，毕竟你这个剧情已经突破了次元壁要和隔壁数码宝贝串台了。
但是秋叶原博士却违抗了夜天三人的个人意愿，直接将夜天强行送入了数码世界中，还中二的说道：“被选中的少年啊！去拯
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